Las bóvedas de las naves colaterales presentan una geometría diferente a las de la nave central, ya que se disponen sobre planta rectangular, compartiendo el lado largo (arcos formeros) con el de la nave principal.  Cabe prestar especial atención al trazado de los arcos perpiaños en los dos tipos de bóvedas analizados. Si se tiene en cuenta que la altura de las claves queda impuesta por los arcos ojivos (semicirculares), es necesario peraltar o realizar arcos apuntados para conseguir igualar la altura de todos los arcos y así minimizar la cantidad de relleno necesaria para construir la azotea sobre las bóvedas.

Para las bóvedas colaterales se han elegido arcos equiláteros que encajan perfectamente con las proporciones en planta (5:7). Para las bóvedas de la nave central, se han utilizado para los perpiaños arcos apuntados trazados desde el tercer punto que compatibilizan perfectamente en una planta cuadrada.
 
Dado el carácter defensivo del templo en el momento de su construcción, contaba con un sistema de circulación que permitía evacuar el recinto en la cubierta transitable e introducir tropas a través de un pasillo localizado sobre los arcos formeros que separan la nave central de las colaterales. Pensar que precisamente el lugar por donde se transmiten los empujes principales estaba hueco, nos llevó a investigar cómo estaba construido el pasillo y que solución de continuidad se había empleado.
 
La solución por la que se optó fue la de macizar la zona correspondiente al arranque de todos los arcos, dejando un espacio mínimo para que pudiera pasar una persona, con lo que la transmisión de esfuerzos queda asegurada. Los diagramas obtenidos demuestran que las geometrías de plemento procedentes de arcos apuntados tienen mejor comportamiento que la que se obtiene a partir de arcos semicirculares, tanto desde el punto de vista de reducir empujes, como de eliminar fisuraciones.
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Actualmente, la investigación continúa explorando la casuística de cubiertas (fundamentalmente azoteas) en los templos del Reino de Sevilla y, por otro lado, la exportación de estos tipos constructivos al Nuevo Mundo a partir del siglo XVI.